En 1972, un popular y carismático estudiante llamado Misaki perteneciente a la clase 3-3 de la escuela Yomiyama del Norte, murió repentinamente a mitad del año escolar. Devastados por la pérdida, sus compañeros y maestro actuaron como si Misaki aun estuviera vivo e incluso reservaron un lugar para él en la ceremonia de graduación. Para sorpresa de todos él apareció en la fotografía de la graduación. En 1998, el estudiante de tercer año de secundaria Kōichi Sakakibara empezó a asistir a Yomi del Norte en la clase 3-3 donde no tarda en darse cuenta del inusual trato de sus compañeros hacia Mei Misaki una extraña chica a la que conoció durante su estadía en el hospital. Esto y otros sucesos inexplicables le hacen pensar que hay algo anormal con su clase y que podría estar relacionado con el "Misaki de 1972"